तृतीय लिंग को शौचालय के संबंध में होनेवाली दिक्कतों का हमेशा ही सामना करना पड़ता है. हालांकि पृथक शौचालय के लिए कुछ कॉलेजो के प्रिंसिपल ने आपत्ति जतायी है. उनका कहना है कि उनके कॉलेजों में और शौचालय बनाने के स्थान का अभाव है. हालांकि इसके लिए रास्ता निकालने की कोशिशें जारी हैं.
बोर्ड के मुताबिक, तृतीय लिंग की यह मांग बेहद सामान्य है और काफी पहले ही इसे मान ली जानी चाहिए थी. इधर नरसिंह दत्त कॉलेज व विजय कृष्ण गर्ल्स कॉलेज ने तृतीय लिंग के लिए छात्राओं के शौचालय के इस्तेमाल की अनुमति दे दी है. नरसिंह दत्त एक को-एड कॉलेज है, जबकि विजय कृष्ण कॉलेज में एक तृतीय लिंग विद्यार्थी है.